O desconto para a subvenção do vale transporte, da parte do empregado, é sobre o salário mensal ou seu proporcional, de acordo com o mês trabalhado (integral ou parte), assim, se a empresa forneceu o benefício e este não foi utilizado, sobrando para o mês seguinte, é perfeitamente legal que esta sobra seja devolvida ou usada para compôr o benefício no(s) mês(es) subsequente(s), não havendo qualquer remanejo/devolução no valor já descontado do salário do trabalhador, tendo sido a sobra resultante da má utilização pelo empregado (este dispunha do valor para fazer seu correto uso e não o fêz).
Relembrando o que determina o Decreto nº 95.247/87 :
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Art 2° O Vale-Transporte constitui benefício que o empregador antecipará ao trabalhador para utilização efetiva em despesas de deslocamento residência-trabalho e vice-versa.
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Art 7° Para o exercício do direito de receber o Vale-Transporte o empregado informará ao empregador, por escrito:
I - seu endereço residencial;
II - os serviços e meios de transporte mais adequados ao seu deslocamento residência-trabalho e vice-versa.
§ 1° A informação de que trata este artigo será atualizada anualmente ou sempre que ocorrer alteração das circunstâncias mencionadas nos itens I e II, sob pena de suspensão do benefício até o cumprimento dessa exigência.
§ 2° O benefício firmará compromisso de utilizar o Vale-Transporte exclusivamente para seu efetivo deslocamento residência-trabalho e vice-versa.
§ 3° A declaração falsa ou o uso indevido do Vale-Transporte constituem falta grave.
As decisões dos tribunais confirmam a Demissão por Justa Causa quando o empregado solicita e recebe o VT mas utiliza-se de meio próprio de transporte, configurando, assim, declaração fraudulenta (vide § 3°).
Desse modo, amigos Pedro e Tiago, a empresa age corretamente em descontar o saldo do VT mal utilizado. Melhor isso que a Justa Causa.
Espero ter ajudado.