O contra-cheque é um comprovante de pagamento, é como um recibo de quitação. Se a empresa faz o depósito em conta bancária do empregado mas, assim mesmo, faz questão de ter arquivados os contra-cheques assinados, não há problema de ser emitido o recibo e o trabalhador assiná-lo. Além do que, são 2 folhas de pagamento por mês (dia 15 e dia 30), o que naturalmente gera os recibos (contra-cheques).
Aliás, se a empresa faz questão (como eu disse acima) mesmo que não seja imprescindível por haver o recibo de depósito, é uma questão de Regimento Interno da empresa e, assim sendo, deverá o empregado apôr sua assinatura no contra-cheque.
Não nos esqueçamos que sempre que realizamos um pagamento é super necessário termos o comprovante do recebimento deste pagamento por quem de direito, evitamos com isso futuras reclamações, baseadas em alegações equivocadas (as pessoas podem se esquecer ou até bancar as espertas!) de que não receberam seus salários.
Espero ter ajudado.