Calculo he noturna

os calculos de hora extra noturna deve ser separado da hora extra normal?

Exemplo: funcionario trabalha das 13:00 as 22:00, exede 2 horas que são extras ate as 00:00, e começou mais cedo as 12:00, no total foram 3
HE 1 das 12:00 as 13:00 e 2 das 22:00 as 00:00.
Essas duas horas extras apos as 22:00 são noturna deve se calcular separado da He normal?

Não necessariamente, o que deve ser destacado é o adicional noturno da hora-extra, primeiro convertendo as 2hs do relógio em hora noturna que representam 2h15min, depois somando o adic. de hora-extra nestas 2h15mim (mínimo de 50%) e só então calcular o adicional noturno de no mínimo 20% sobre essas horas extras noturnas.

Para lançar no holerite vc pode lançá-las junto (HE diurna + noturna), embora isso possa ter entendimento diferente em seu sistema de folha, vai da parametrização de cada um.

Acho que ficaria assim no holerite:

PROVENTOS
Salário - R$
3,15 HE a 50% - R$
Adic 20% 2,15h - R$

Considero importante destacar sobre quantas horas incidem o Adic. Noturno, para se evitar futuros problemas.

Aproveito para observar que tenha cuidado com esse excesso de hora-extra, pois a Lei a limita a 2hs por dia em jornadas de 8hs diárias.

Espero ter ajudado.