Bom dia Thais,
A aposentadoria em si, não modifica o contrato de trabalho do empregado. A aposentadoria por invalidez, onde se o empregado retorna expontaneamente ao emprego perde o beneficio. Na aposentadoria por tempo de contribuição e idade o empregado pode continuar a trabalhar normalmente. Já na aposentadoria especial que é o seu caso, o empregado também não poderá continuar exercendo atividades, no entando como se trata de processo judicial com data retroativa, você deve manter no seu sistema o que realmente aconteceu, ou seja o exercicio profissional. Deixará no sistema as informações de remunerações exercidas no período. A partir de agora, fará a baixa na carteira. O empregado não perderá o benefício por ter continuando exercer atividade neste periodo porque estava em demanda judicial.
Seja qual for o tipo de aposentadoria não influência no contrato de trabalho, se o empregado trabalhou, deverá ter feito a retenção e a informação na GFIpP, assim como o cumprimento das demais obrigações acessórias.
abraços.
Tiago.