Rodrigo,
pelo que entendi a empresa ficou devendo a Previdência o recolhimento da parte de terceiros, pois pagou apenas os segurados e a parte da empresa, desta forma, será devido o recolhimento com a devida correção da parte de terceiros a fim de que a empresa não fique em débito e quando necessário saia a Certidão Negativa.
Agora, se o erro foi na apuração, o banco não desmembrou os valores de segurados, empresa e terceiros e o recolhimento foi feito certo, será necessário levar a guia original na Receita Federal a fim de solicitar a correção das informações que foram apuradas indevidamente.