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As regras que regem a relação de Estágio devem estar fixadas no Termo de Estágio que é celebrado entre a empresa, o estudante (estagiário),e o órgão intermediador ou instituição de ensino do estudante.
A Lei do Estágio, nº11.788/2008, nada menciona sobre horas-extras:
Art. 10 - A jornada de atividade em estágio será definida de comum acordo entre a instituição de ensino, a parte concedente e o aluno estagiário ou seu representante legal, devendo constar do termo de compromisso ser compatível com as atividades escolares e não ultrapassar:
II – 6 (seis) horas diárias e 30 (trinta) horas semanais, no caso de estudantes do ensino superior, da educação profissional de nível médio e do ensino médio regular.
O que não signifia dizer que caso o estagiário estenda sua jornada combinada que essa sobrejornada não venha a ser remunerada.
Sugiro que verifique o que consta do Termo de Estágio e se esta for omissão quanto as horas-extras e os percentuais de adicional, consulte a Convenção Coletiva de Trabalho da categoria profissional onde vc atua.