Olá!
O tempo de afastamento integra sim ao período para contagem de tempo para o aviso prévio.. Porém na rescisão vale lembrar que o empregado só terá direito as férias (proporcional ou vencida), referente ao período que ele estava ativo na empresa... e que no período de seis anos de afastamento pelo INSS ele perderá o direito a férias, e que o 13º já foi pago pelo INSS....
Se a empresa for demiti-lo é importante verificar se o empregado não possui estabilidade.... E em caso de demissão a pedido ou forçado, é necessário a realização de exame demissional, para que o médico do trabalho avalie se o empregado esta apto ou não para sair da empresa....
Espero ter ajudado,
Leiliana