Flavio,problemas poderiam surgir se a empresa nunca antes descontava o DSR nos casos de faltas e atrasos, e passar a fazê-lo, alguns empregados podem se queixar e criar confusão por isso.
Se a maioria dos empregados tem relativamente pouco tempo, acho que vale arriscar. Se na pior da hipóteses criarem muitos problemas então a empresa poderá suspender a prática deste desconto.
No entendimento jurídico, existe uma corrente que entendem cabível e legal o desconto, já há outra corrente que pensa o oposto. As decisões na justiça nos últimos tempo quase que se equilibram, embora temos percebido uma tendência na aceitação do desconto do DSR.
Se vem ocorrendo muitas faltas acho que é valido introduzir o desconto. Para evitar muitas queixas, faça uma circular e a exponha em local público onde todos os empregados obrigatoriamente circulem (é só pra afixar, não é pra dar cópias aos empregados!), e informe que a partir do próximo mês a empresa adotará a política de tmb descontar o DSR em caso de não completada a jornada semanal, conforme prevê...(faça aqui a menção dos artigos e súmulas que versam sobre o tema).
Boa sorte!!!