Bom temos duas situações aqui
1)A primeira é em relação a obrigatoriedade em se filiar a Sindicato- Conforme estabelece a Legislação não existe obrigatoriedade por parte da Empresa e do Funcionário, em se filiar a algum sindicato.
2)A outra esta relacionada a Homologação – Bom o fato de não ser sindicalizado não quer dizer que o funcionário não tenha direitos previstos em convenção coletiva ou seja se existe um sindicato que represente a categoria que seu funcionário pertence você terá que aplicar as normas estabelecidas em Convenção e poderá fazer homologação de contrato no sindicato em questão, voce tambem poderá fazer a homologação no MTE, mais o mesmo vai te questionar porque a empresa esta fazendo a homologação no MTE e não no Sindicato, tambem te solicitará a Convencão Coletiva da categoria.