Caro Leandro,
Se estamos falando de suspensão por solicitação da empresa por alguma atitude inadequada da funcionária, por exemplo, sim, não só esses dias devem ser descontados como, também, o DSR do domingo referente já que ela não cumpriu integralmente a jornada de trabalho semanal para ter esse direito.
Algumas empresas são ainda mais radicais e também descontam até mesmo o VT da mesma por não ter comparecido na sua jornada de trabalho habitual.
Agora, se a suspensão foi por algum outro motivo ou, até mesmo afastamento, precisa ser revista a penalização.
Algumas orientações nesse site também podem ajudá-lo
http://www.guiatrabalhista.com.br/tematicas/suspensao_efeitos.htm
Espero ter ajudado.