Afastamento desconta vale transporte

Prezados um funcionário estando de atestado a empresa tem que pagar o transporte dos dias que ele ficou em casa?

Claro que não!

O benefício foi criado para usar exclusivamente no trajeto casa X trabalho X casa. Se o empregado falta, se afasta de férias ou licença médica, ou outro motivo que o faz deixar de ir ao trabalho, tanto a empresa não é obrigada a fornecer o VT para tais dias como, em caso de já tê-lo fornecido, de compensar no mês seguinte tratando como um adiantamento para os dias vindouros.