Alexandre Maistro,
A LEI No 7.418, DE 16 DE DEZEMBRO DE 1985, diz o seguinte no seu art 8º:
" Art. 8º - Asseguram-se os benefícios desta Lei ao empregador que proporcionar, por meios próprios ou contratados, em veículos adequados ao transporte coletivo, o deslocamento integral de seus trabalhadores"
Analisa a Lei direto neste link:
http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/L7418.htm
No meu entendimento não há problema algum em descontar os 6%, afinal de contas a empresa gasta para conceder a locomoção ao empregado.
Para ficar organizado e documentado, a empresa poderia desenvolver/emitir uma espécie de vale que seria dado mensalmente ao empregado para que o mesmo entregue-o ao condutor, documentando que a empresa oferece o serviço.