Se o empregado tiver direito a dias a mais alem do período da paralização, poderá, sim, perder esses dias.
Não poderão ser computadas as faltas de um período aquisitivo em outro período, no caso, no subsequente. Se não forem consideradas agora deverão ser descartadas.
Por exemplo: se o empregado tem direito a 20 dias de férias e a empresa irá paralizar por 10 dias, os 10 dias que sobram de direitos as férias poderão ser objeto da redução das férias conforme as faltas, de acordo com a proporcionalidade do período aquisitivo.
Contudo, se o empregado teria direito a 10 dias de férias, com a paralização de 10 dias este empregado não poderá ter suas férias reduzidas caso tenha mais de 5 faltas em seu período aquisitivo, portanto, ele poderá gozar das férias coletivas de 10 dias. Tal situação assemelha-se aos casos onde o empregado ainda não conta com direito de férias equivalente aos dias das ferias coletivas, sendo a paralização do interesse da empresa o trabalhador não poderá sofrer qualquer sanção por isso.
Espero ter ajudado.