Olá,
Entendo que não seria possível compensar nas férias, pois a própria lei diz que o período não pode ser fracionado, sendo permitido somente em casos excepcionais, e esses dias Descontados no período de gozo das férias, poderia se caracterizar como antecipação das férias.
Todavia, a lei não define expressamente o que seria considerado como caso excepcional para propiciar a concessão regular de férias parceladas, a partir dai pode abrir para negociação com o sindicato.
Acredito que o ideal seria a compensação em em outras horas de trabalho, devendo ser acordado com os empregados e de preferência com a anuência do sindicato, caso você não possua o Banco de Horas implantado na sua empresa.