Paulo,
Para o Funcionário é exatamente o que vai ocorrer, tomemos por base o exemplo para os mêses de setembro/2012 e outubro/2012, sendo o pagamento todos os sábados:
Set/2012
01/09 (26/08 a 01/09) 400,00
08/09 (02/09 a 08/09) 400,00
15/09 (09/09 a 15/09) 400,00
22/09 (16/09 a 22/09) 400,00
29/09 (23/09 a 29/09) 400,00
Total: 2.000,00
Out/2012
06/10 (30/09 a 06/10) 400,00
13/10 (07/10 a 13/10) 400,00
20/10 (14/10 a 20/10) 400,00
27/10 (21/10 a 27/10) 400,00
Total: 1.600,00
Como já comentei em outra mensagem mais acima, essa forma não é regulamentada perante a previdência social, que trabalha com mês civil.
Repare que na primeira semana, pode ocorrer de, existirem valores de outro mês. Assim, entendo, que seu sistema deveria "ratear" os valores, afim de obter a base para o INSS da competência, inclusive para enquadramento da alíquota de contribuição do segurado:
Set/2012
01/09 (26/08 a 01/09) 400,00 - Base INSS 57,14 (400,00/7*1)
08/09 (02/09 a 08/09) 400,00 - Base INSS 400,00 (400,00/7*7)
15/09 (09/09 a 15/09) 400,00 - Base INSS 400,00 (400,00/7*7)
22/09 (16/09 a 22/09) 400,00 - Base INSS 400,00 (400,00/7*7)
29/09 (23/09 a 29/09) 400,00 - Base INSS 400,00 (400,00/7*7)
06/10 (30/09 a 06/10) 400,00 - Base INSS 57,14 (400,00/7*1)
Total: 2.000,00 1.714,28