Auxílio Doença

Gostaria de sanar uma dúvida, um funcionário pegou um atestado de 45 dias no dia 16/09, foi agendado a perícia para o dia 31/10. Caso o funcionário não tenha o pedido do auxílio doença aprovado, a empresa pagará o período que ele ficou afastado ou o funcionário perde (faltas)?

A empresa vai abonar 15 primeiros dias do atestado, do 16º em diante, caso o mesmo não receba pela previdência deve recorrer ao médico do trabalho para fazer o atestado de retorno ao trabalho.

Não será lançado como falta pois as faltas tem "consequencias" posteriores como para férias ou alguns benefícios previstos em convenção, mas a empresa não precisa pagar os dias que o funcionário não compareceu à empresa.

Obrigado.