Larissa,
Você TEM que indenizar os dois dias. A Lei eleitoral garante o direito ao gozo do descando dos dois dias, então, mesmo que ele tenha pedido demissão, continua a fazer jus a usufruir do direito.
Segue parte da resolução do TSE sobre o assunto (RES 22747/2008):
Parágrafo único. Nos casos em que ocorra suspensão ou interrupção do contrato de trabalho ou do vínculo, a fruição do benefício deve ser acordada entre as partes a fim de não impedir o exercício do direito.
Art. 3º Na hipótese de ausência de acordo entre as partes quanto à compensação, caberá ao Juiz Eleitoral aplicar as normas previstas na legislação; não as havendo, resolverá a controvérsia com base nos princípios que garantem a supremacia do serviço eleitoral, observado especialmente o seguinte:
I – O serviço eleitoral prefere a qualquer outro, é obrigatório e não interrompe o interstício de promoção dos funcionários para ele requisitados (art. 365 do Código Eleitoral);
II – A relevância da contribuição social prestada por aqueles que servem à Justiça Eleitoral;
III – O direito assegurado por lei ao eleitor que prestou serviço à Justiça Eleitoral é personalíssimo, só podendo ser pleiteado e exercido pelo titular.
Ou seja, o serviço prestado pelo empregado à Justiça Eleitoral é prioritário e diante da sua relevância social não pode ficar sem compensação. O funcionário deveria ter folgado antes do pedido de demissão ou, como não o fez, a empresa deverá indenizar. Se não o fizer o Juiz Eleitoral assim determinará.