Rescisao feita incorretamente - codigo de afast.

Pessoal,
Fui admitida em um empresa de contabilidade em 16/07/2012.
1º Foi feito um contrato de 45 dias...no dia 29/08 o mesmo foi prorrogado por mais 45 dias.
Porem no dia 10/10 fui informada que a empresa não queria mais continuar comigo.
Recebi um comunicado formal, dizendo o seguinte:
" Comunicamos a V.Sª que seu contrato de experiencia com termino previsto para 13/10 não será renovado.Inxistindo interesse de nossa parte para a continuidade do contrato de trabalho.
Gentileza comparecer no dia 15/10 para receber as verbas rescisorias."
O acerto foi feito dia 11/10, mas com data de saida/afastamento 13/10.
Fui dar entrada no seguro desemprego hoje e descobri que a empresa gerou minha rescisao erradamente... foi gerado como se fosse contrato de trabalho temporário porem não foi.Desde quando iniciei o vinculo ate a minha saida nunca houve nada de contrato de trabalho temporario.
Para que eu possa receber o seguro, e necessario que a empresa corrija esse dado.
Foi gerado com codigo 04 e na verdade deveria se 01 ou SJ2 (Pelo menos foi isso que me disseram no MTE hoje.
O que devo fazer???
A empresa e obriga a fazer esta alteraçao?
O que muda para empresa? E para mim?
Caso ela se negue, devo entrar na justiça do trabalho?

Boa tarde, Rúbia.... Nesse caso oriento você a levar a documentação ao sindicato ou mesmo ao Ministério do Trabalho para esclarecimentos e orientações. ( São as regras deste Fórum : Apesar do fórum ser publico, o principal foco é troca de informações entre profissionais da área, e não tirar dúvidas sobre assuntos "particulares" ).

Att.