Com a implantação do NTEP quem define se é doença ocupacional ou não é o Perito do INSS e, caso discorde a empresa deverá apresentar recurso. O ônus da prova passa a ser do empregador.
Ao realizar a perícia médica e o perito verificar que há nexo entre a doença/agravo e a atividade da empresa concederá o benefício em forma de B31 (auxílio doença) ou B91 (auxilio doença acidentário - que equivale a doença ocupacional) , caso constate o nexo a CAT deverá ser emitida porém o trabalhador não deixará de usufruir do benefício previdenciário pela não emissão da CAT. Aliás uma finalidades do NTEP seria essa, ou seja, afastar o trabalhador por doença ocupacional sem a apresentação da CAT em tempo hábil, o que acontecia muito antes era de trabalhadores que deveriam se afastar por doença ocupacional se afastarem por auxílio-doença pelo simples fato dos empregadores se negarem a emitir a CAT.