Vc pode rescindir no término do contrato, informando que os valores estão á disposição do empregado, pois o atestado apenas abona os próximos 15 dias sendo destes apenas 2 dias de trabalho efetivo por força do contrato. Contudo, é bom saber a posição do Sindicato quanto a esta prática, lembrando que se houver alguma indisposição entre patrão e empregado será ao juridico do Sindicato que o empregado irá provavelmente recorrer.
Mas poderá tmb aguardar o desenrolar da situação, ver se dessa licença médica irá evoluir para uma licença previdenciária, que suspenderia a fruição do contrato. Embora vc tmb possa elucidar a questão da enfermidade encaminhando o funcionário ao médico do trabalho da empresa (ou Clínica com quem mantenham convênio) de maneira a verificar da real necessidade de um afastamento tão prolongado. É raro o médico do SUS fornecer atestado de 15 dias logo de primeira, normalmente um afastamento assim é por coisa grave que requeira tratamento ou descanso absoluto.
Aliás, convêm investigar a veracidade deste atestado. Tem funcionário que acha que conseguirá forçar a efetivação (e o pagamento de aviso prévio para ser dispensado) se apresentar atestado ao fim da experiência.
Boa sorte!