Contrato de trabalho em duas funções

Boa tarde!

Estou com uma enorme dúvida, a 2 anos um escola de línguas reduziu a carga horária de um professor e fez a contratação do mesmo como coordenador no período vago.
Ou seja ele passou a coordenar pela manhã e ministrar aulas à tarde, dentro das 44 horas semanais.
Na época consultei os sindicato dos professores e da administração escolar que disse que deveria celebrar um contrato separadamente, e foi o que fiz.
Porém agora em conversa informal entre o cliente e minha patroa, ela disse que os procedimentos estão errados, pois o mesmo ficou com o vínculo nos dois sindicatos o que deveria ter sido opção dele por um só sindicato.
Na época o sindicato bateu na tecla de não pagar apenas uma gratificação pelo desvio de função e por esse motivo celebrar o contrato de coordenador.
Alguém poderia me orientar?

Bom dia, Patricia, sindicato e assim mesmo,eles puxam a "sardinha" para o lado deles, eu sugiro que voce consulte o depto juridico da empresa, caso não tenha, sugiro também que a empresa contrate um advogado (prestador de serviço - autonomo, ele prestará o serviço quando solicitado).