Transferência de registro de empresa

Atenção colegas. Em consultas realizadas na internet, não encontrei sequer menção à seguinte situação: transferência de empresa registrada na Junta Comercial, para o Cartório de Pessoa Jurídica. Somente encontrei a situação invertida. Quem tiver alguma situação idêntica, coloquem o resultado de pesquisa. Na Junta Comercial de MG, disseram que tenho que baixar a empresa, para abrir no Cartório, absurdo na minha opinião, já que no meu caso, a empresa se encontra registrada tanto na Junta Comercial como no Cartório ao mesmo tempo, não se assustem. A empresa é exclusivamente prestadora de serviços profissionais, não poderia ser registrada na Junta Comercial, mas como sabemos pagou, passou. Como vou baixar na Junta uma empresa que também está registrada no Cartório? Esses órgãos não se entendem e não enviam comunicação nenhuma um para o outro. E aí? Se está acontecendo comigo, deve ter acontecido com algum colega contabilista. Soube que precisamos ir à Justiça para ter em mãos um alvárá de cancelamento na Junta Comercial dos registros feitos indevidamente pelo o órgão estadual.