Rudimar, bom dia!
A solução que deve se tomar de imediato é fechar o MEI, o que poderá ser feito online. Quanto ao pagamento das guias o empreendedor poderá ir pagando posteriormente aos poucos. O sistema permite que o empreendedor baixe mesmo devendo. Desta forma ele evita que continue sendo gerado débitos.
ROTEIRO PARA BAIXA
Roteiro para os procedimentos de Baixa do MEI no Portal do Empreendedor.
Para solicitar a baixa de seu registro como MEI, acesse a página de Solicitação de Baixa do MEI e siga os passos abaixo:
1- É necessário um código de acesso. Caso não tenha um ou tenha se esquecido, gere um novo Código de Acesso no Portal do Simples Nacional no endereço:
www8.receita.fazenda.gov.br (será aberta uma nova janela).
Para gerar o novo código, será necessário informar o CNPJ, o CPF, o Titulo de Eleitor ou o recibo da Declaração de Imposto de Renda de Pessoa Física dos Exercícios de 2012 ou 2013, anos-base 2011 e 2012, respectivamente, e a Data de Nascimento.
Observação: O Código de acesso deverá ser anotado ou salvo no computador. Guarde o código para uso futuro.
2- Com o Código de Acesso em mãos, vá para a página de Solicitação de Baixa e informe o CNPJ, o CPF e o Código de Acesso e clique no botão "Prosseguir";
Obs. Caso apareça uma mensagem solicitando a atualização de dados cadastrais, vá ao formulário de Alteração de Dados Cadastrais, informe os dados de seu registro e o código de acesso e verifique se os dados do seu registro estão todos preenchidos. Corrija os dados do formulário, confirme a alteração e retorne para o formulário de Solicitação de Baixa.
3- Uma vez apresentado o formulário de Baixa, verifique os dados, leia a declaração e confirme, marcando o campo:
4- Confirme a solicitação de baixa clicando no botão "Continuar".
5- Em seguida vai aparecer a Tela de Conferência de Dados. Confira os dados apresentados e clique em "Confirmar";
Obs. Caso identifique alguma incorreção, retorne para o formulário de alteração clicando no botão "Cancelar".
6- Confirme a solicitação de baixa de sua inscrição como Microempreendedor Individual clicando no botão "Enviar".
ATENÇÃO: A solicitação de baixa é permanente e não pode ser revertida!
7- Em seguida será apresentado o Certificado da Condição de Empreendedor Individual - CCMEI informando a baixa do seu registro. Imprima o CCMEI imediatamente e guarde para futura referência.
Caso precise comprovar a baixa do seu CNPJ no futuro, acesse a página para Emissão de Comprovante de Inscrição e de Situação Cadastral (será aberta nova janela) no site da Receita Federal e informe o CNPJ.
Observação: É importante ressaltar que, após a Baixa da Inscrição do MEI, é obrigatória a entrega da DASN-Simei de extinção (será aberta uma nova janela) relativa ao período do ano em que o MEI esteve ativo. Também é obrigatório efetuar o pagamento dos valores fixos de todos os meses entre a abertura e a baixa do MEI. As guias (DAS) que são utilizadas para o pagamento dos valores fixos mensais devem ser geradas no PGMEI.
Fonte: Portal do Empreendedor