Alex.
O probleminha esta quando você esta gerando a DBE.
Chega um momento que dá um aviso "este ato já foi registrato na Junta Comercial?" e você tem que clicar que não.
Eu por diversas vezes entendi errado este aviso e tive que levar depois para a Receita, então.. cancele esta dbe no site da receita. (sabe como fazer? vá em CNPJ no site da receita e clique em "cancelamento de pedido de cnpj") Apos ter cancelado esta dbe, faça pelo programa uma nova, e cuide este aviso, se não me engano.. é depois que você bota o nire da empresa que vem este aviso.
Espero realmente ter ajudado! Att.