Baixa CNPJ filial + matriz

Bom dia a todos, preciso de ajuda, alguem sabe me informar, como faço para pedir baixa no CNPJ, tenho a matriz em Osasco e Filial em S.Paulo, devo pedir a baixa primeiro da filial ou por estar unificado, só será necessário eu pedir a baixa do CNPJ da Matriz diretamento em Osasco?
Não sei se me expressei corretamente, no aguardo
Abraços

Caros
Tenho uma duvida sobre filial

Solicitei um breve relato da empresa que era do meu pai e ele abriu uma filial através de uma alteracao do contrato social e registrado na junta, no entanto nao foi feito nada , nem talonario de nota, nada. As obrigacoes desta empresa -02 foram entregues Rais Negativa e só . O contador alegou que nao foi entregue Imposto de Renda Inativo pois o CNPJ da matriz responde pela filial sem atividade...Estou tentando dar baixa deste CNPJ, o que realmente eles podem me pedir de documentos? Na Junta consta baixa da Empresa em 1996, mas nao tenho distrato e nem baixa na federal... Por onde eu comeco
Obrigada
Isadora