Olá Fabiana S. de Godoy,
Para este erro: Sócio inexistente no QSA da base CNPJ, você deverá fazer uma atualização na base de dados na Receita Federal, pois a Receita não tem todos os dados em seu sistema e nos prejudicando nas alterações.
Para fazer este processo, deverá tirar uma cópia autenticada da Constituição ou uma cópia do Contrato de alteração que este sócio "inexistente" entrou na sociedade, fazer o PGD de alteração cadastral, selecionar QSA, informar todos os sócios da empresa, na "data do evento" é a data do registro do Contrato onde consta este sócio faltante, também deverá ser informado os demais sócios e transmitir o processo. Esperar o DBE ser liberado e entregar diretamente na RFB.
Já aconteceu comigo em alguns casos e esta informação da falta de dados das empresas na RFB, foi a própria atendente que explicou isso para mim.
Espero ter ajudado.
Alexandra Cristina.