Baixa do CNPJ junto a RFB apos o prazo

Boa tarde,

Meu problema é o seguinte, estou com uma cliente que está dando baixa em sua empresa, e o que acontece um contador entrou com o seu processo de baixa em 2009, só que por algum motivo a empresa só foi baixada junto a SEFAZ e na JCDF e permaneceu ativa na Receita Federal, algum tempo depois ela foi notificada que que havia pendencias da empresa junto a receita e que havia uma divida, pois bem a mesma efetuou o pagamento dessa divida e veio até meu escritório para ta fazendo a baixa do CNPJ na receita, só que na legislação fala que:

Baixa de Inscrição de Estabelecimento Matriz

A baixa de inscrição no CNPJ, do estabelecimento matriz, deverá ser solicitada até o 5º (quinto) dia útil do segundo mês subsequente ao da ocorrência dos seguintes eventos de extinção:
I - encerramento da liquidação voluntária, judicial ou extrajudicial, ou do processo de falência;

Ou seja ele teria até o 5º (quinto) dia útil do segundo mês subsequente para está entrando com o pedido da baixa, só que o encerramento dela foi em 2009!
Alguém que já passou por esta situação poderia me ajudar???

Wilder Antonio Mendonça, nesse caso ela irá pagar multa por não ter entregue a declaração com o evento especial de baixa, mas você consegue fazer a baixa normalmente.

Bom, as vezes dar baixa na empresa vira uma luta. Já tentou dar baixa normalmente depois da dívida paga? Entra em contato com a AF do seu município.