Empresa com registro na Jucerja e no Registro Cívil de Pesso

Bom dia,tenho um cliente que abriu a empresa em 1997 no ramo de venda e serviços, foi registrada na Jucerja e a 1ª alteração foi feita ficando só serviços e foi registrada no Registro Cívil de Pessoas Juridica e foram feitas outras alterações estou na 5ª alteração e não foi dada baixa na Jucerja, tenho que fazer uma nova alteração rerratificando a 1ª, só agora que o problema apareceu,ainda consta o registro na Jucerja.
Obrigado.
Flor de Maria