Willian, bom dia!
O primeiro passo é solicitar o desenquadramento no site da Receita Federal informando os motivos que levaram a empresa a desenquadrar do SIMEI.
Lembrando que o MEI já é empresário individual, não fazendo necessário alterar o registro na Junta Comercial. Geralmente, os empresários individuais desejam ter o Requerimento de Empresário com o selo da Junta, aí é só solicitar a alteração.
Costumo alterar o nome empresarial retirando o nº do CPF da frente do nome empresarial. Caso tenha alguma outra alteração, é aconselhável realizar junto, para evitar realizar uma nova alteração. Por Ex. alteração de atividade(s) econômica(s), endereço comercial etc.
Espero ter ajudado.