Bom dia, Prezado Rodrigo
Na Junta Comercial do Estado de São Paulo é necessário preencher um formulário solicitando o desenquadramento de ME ou EPP, assim como para requerer o enquadramento também é necessário o preencher.
Após essa solicitação, que aqui em São Paulo é on-line, gera-se o requerimento onde os sócios devem assinar o documentos e encaminhamos ao órgão competente para registro, solicitar também no PGD o desenquadramento.
Nota: O sistema da Receita Federal, por algum equivoco, incluiu a expressão ME ou EPP em determinadas empresas, sem as mesmas terem solicitado esse tipo de enquadramento, por tanto seria conveniente antes de mais nada você consultar se perante a JUNTA e/ou Cartório a empresa está enquadrada. Caso negativo basta gerar um PGD solicitando o desenquadramento com a data atual, ou seja o dia em que está preenchendo o pedido.