Feitosa Neto, bom dia
Os procedimentos gerais de alteração de empresas em Juntas Comerciais é a nível nacional, mas as Juntas Comerciais de cada Estado possuem suas particularidades.
Aqui em SP basta solicitar na Junta Comercial a alteração de nome empresarial, onde é excluído o numero do CPF do sócio do nome empresarial e na Receita Federal solicitar a exclusão do SIMEI, pronto, o MEI passa a ser um Empresário Individual.
Após os passos acima, para transformar em Sociedade Empresária Limitada, você deverá solicitar na Junta Comercial a Transformação do Tipo Jurídico de Empresário para Sociedade Empresária Limitada e assim igualmente na Receita Federal.
Espero ter ajudado
Abraços