Marcela, bom dia
A JUCESP não tem relação nenhuma com o regime tributário adotado pela empresa.
O regime tributário da empresa está relacionado a diversos fatores, tais como: suas particularidades sociais, operações feitas, faturamento, planejamento tributário, atividade exercida, dentre inúmeros fatores que podem direcionar a empresa para um regime ou outro.
No link abaixo você pode consultar se a empresa é optante pelo Simples Nacional:
http://www8.receita.fazenda.gov.br/SIMPLESNACIONAL/aplicacoes.aspx?id=21
Tratando-se de uma empresa, caso não seja Simples, será Lucro Real ou Presumido, ai é preciso verificar.
Que multas exatamente irão pagar?
Vocês possuem um contador regularizado?