Sr. Rafael.
Não acredito que exista um modelo padrão ou mais adequado que possa ser aplicado sem observar as peculiaridades de cada caso. Os modeloes devem ser usados em conjunto e testados diante das inúmeras necessidades da avaliação para cada caso.
A título de ilustração, até porque o espaço é exíguo, segue alguma modelos de avaliação mais usados atualmente.
Tenho uma grande preferência por modelos baseados em fluxo de caixa por avaliarem o valor da empresa mediante a análise da sua capacidade de geração de fluxos futuros.
Os modelos baseados em avaliações pelo balanço patrimonial determinal o valor da empresa pela estimativa de seus ativos, a deficiencia desse métoda consiste justamente na característica estática da sua análise não permitindo uma visão futura do negócio, sendo recomendado seu uso em conjunto com outros modelos para se criar parâmetros de compração.
Modelos baseados no goodwill são aplicados para empresa que necessitam de uma avaliação que ultrapassam as barreiras dos lucros ou ativos, são aquelas que possuem uma marca, produtos ou serviços que têm valores intangíveis consideráveis e que precisam ser somados aos valores dos ativos.
Existem inúmeros outros métodos e modelos e mesmo esses citados acima se desmembram em inúmeras variações.
O passo principal para uma avaliação eficaz, ao meu ver, seria inicialmente um trabalho de auditoria contábil, financeira e fiscal para se levantar os números, pontos fortes e fracos da empresa, possíveis pendências fiscais e judiciais, verificarção da consistência dos registros contábeis e seus relatórios.
de posse da real situação da empresa e dos papeis das auditorias é possivel definir qual o metodo principal e secundário a ser adotado.
Quando a softwares não conheço nenhum, e mesmo conhecendo não os recomendaria em função do risco que um programa genérico poderia gerar diante das necessidades particulares de cada caso.
espero ter contribuido