Valquiria,
Vc pode abrir filiais em qualquer parte do território nacional (e até fora dele), se assim lhe for conveniente. Seja sob a forma que for (agência, sucursal, escritório de representação) ela será tratada, nas Junta Comerciais, como Filial, com registro na referida repartição, CNPJ e tudo mais. Quando da abertura, tenha o cuidado de esclarecer com precisão, a atividade que será desempenhada: de repente, pode ser tão somente, um escritório de representação da sociedade com a única finalidade de estabelecer contatos, não precisando, portanto que as atividades exercidas pela matriz, sejam arroladas no documento de abertura.
Tente um contato c/a Junta Comercial do seu Estado em relação a este detalhe, mesmo porque, é lá onde tudo começa, ou seja, para abrir filial em outro Estado, primeiro arquiva-se a alteração na Junta de origem e, só depois, no Estado que sediará a Filial.
Espero ter ajudado.