Luiza Gisele de Lima, bom dia!
Inicialmente, orientaria que consulte todos os contratos sociais e possíveis aditivos (se SA, estatuto), de forma a certifica-se de qual o real valor do Capital Social. Se de fato, estão superiores aos dispostos em cláusulas contratuais deverá ser corrigido. Para regularização do fato, será necessário identificar o real valor ingressado na entidade por origem de seus sócios, e sua finalidade. De posse dessa identificação de valores, você irá compreender o que fora destinado a integralização de capital, e o que seria considerado como empréstimos de sócios (mútuos suportados por contrato) ou adiantamentos para futuro aumento de capital (AFAC). Posteriormente, para regularização da contabilidade, efetua-se a transferência para as contas devidas.
Leandro.