Bom dia Silvio,
A opção por natureza Simples ou Empresária depende da existência do elemento de empresa, que a tirar pela doutrina, considera como fator preponderante a organização do negócio. Sendo a natureza simples muito ligada à pessoa dos sócios e uma organização menos estruturada. A empresária, procura-se a PJ em si, independente de quem irá atender, por exemplo... São empresa com uma estrutura organizacional maior e mais pesada.
Do ponto de vista tributário, costumam correr para Simples sem pensar nas consequência do enquadramento errado, pois alguns municípios dão benefícios nestes casos... Conheço o caso de uma clínica, que foi autuada pelo fisco em alguns milhões, pois o fisco a entendeu como de natureza empresária e não merecedora do benefício fiscal.
OBS: Não sei se existe alguma legislação específica para escolas serem simples, sinceramente, não conheço, pode ser legislação regulamentadora e até legislação local. O Código Civil que estabelece as regras gerais do direito de empresa não prevê nada nesse sentido.
Forte abraço