Boa tarde Pamela,
Tive 2 casos de cobrança posterior:
1 - O CNPJ da empresa foi baixado em 2009 e houve cobrança de TFE 2010 / 2011 / 2012. Fiz o procedimento de baixa do CCM em 2014, o CCM está cancelado, porém as cobranças das TFEs em questão continuam, então por orientação da Prefeitura realizei o pedido de baixa de cobranças dessas TFEs argumentando que a empresa já estava baixada, juntei o CNPJ e a baixa do Requerimento de empresário e protocolei na Prefeitura da Rua Maria Paula em Setembro de 2014 e ainda está em análise.
2 - A empresa foi baixada por Omissão Contumaz em 02/2015, baixei a empresa no Cartório em Janeiro de 2016, dei entrada no CCM e eles exigiram o pagamento da TFE 2014 e 2016. Achei melhor pagar para resolver logo o assunto.
Mas como te disse, acho melhor você dar entrada no pedido de baixa e aguardar o posicionamento deles.
Atenciosamente,