Bom dia.
Voce pode fazer todas as alterações necessarias primeiro, com, dados, capital social, endereço.... tudo o que gostaria de alterar.
Depois disso, vá na pagina do simples nacional, na aba SIMEI e na terceira aba verde: Comunicação de Desenquadramento do SIMEI.
O sistema vai te pedir o motivo do desenquadramento. Voce olha a que melhor te atende. Obs.: a unica opção que desenquadrará mais rápido é: voce informar que vai ter mais de 01 funcionario. Caso voce escolha as outras opçoes o desenquadramento sera somente em janeiro de 2017.
Feito isto a empresa ja nao mais sera MEI e continuará no simples nacional.
Deverá tambem solicitar uma certidao de inteiro teor na junta comercial (será o contrato "novo" da empresa).