Então Michele, por ser uma organização religiosa e considerando que o Pr. (Pastor), mãe ou pai de santo, arcebispo, monge supremo budista, Presidente (E pessoa Responsável pelo CNPJ), abandonou a instituição "". Os próprios membros da Diretoria, Vice Presidência, por meio de iniciativa de voto, poderá votar pela retirada do atual presidente. Registrar em Ata no Cartório de pessoas jurídicas, informando na mesma que houve deliberação e apreciação para eleger os novos, membros e ponto.
Faça o DBE, alterando o responsável pelo CNPJ, informando a data de saída do ex-presidente conforme selo de autenticação do cartório e não esqueça de colocar o CPF do mesmo. Talvez vocês tenham que entrar na Justiça, porém é talvez. Mas já peguei casos assim e quem assinava pelo DBE era o novo responsável, visto que Igrejas e instituições (organização religiosa), conforme natureza jurídica não são empresas, então não há muita restrição na mudança de membros mesmo do alto escalão.
Espero tê-la ajudado.