Empresa foi Desenquadrada por Opção em 12/2016, para ser tr

Empresa foi Desenquadrada do MEI por Opção em 12/2016, para ser transformada em Ltda em 01/2017, porem antes de iniciar o processo o Sócio registrado no MEI desistiu da Sociedade, então vamos constituir uma nova empresa com os sócios remanescentes.
Minha pergunta é: Como baixar o CNPJ se o mesmo não se encontra na situação de MEI (desenquadramento passou a valer a partir de 01/01/2017) e não foi dado entrada na Junta Comercial.