Decio Pereira Bebiano,
Agradeço sua colaboração e para complementar e ajudar aos colegas que passarem pela mesma situação segue a orientação dada pela Receita Federal:
Se você tem algum motivo para se desenquadrar ligado a alteração de natureza jurídica (por exemplo de MEI para Ltda ou EIRELI), inclusão de atividade econômica/CNAE impeditiva ao SIMEI e abertura de filial e fez o desenquadramento ou por erro próprio na interpretação, ou por exigência da Junta Comercial (isso já ocorreu outras vezes), é necessário também a correção via processo, mas antes o registro do ato tem que ocorrer. A Junta Comercial não pode exigir o desenquadramento prévio do SIMEI para só então aceitar o arquivamento desses atos (alteração de natureza jurídica; inclusão de CNAE impeditiva ao SIMEI e abertura de filial). A razão é obvia: primeiro deve ocorrer o fato motivador desse desenquadramento para depois o MEI estar sujeito ao respectivo desenquadramento, e não o contrário. Ainda, os efeitos do desenquadramento dependerão da data do registro do ato alterador na Junta.
Como já foi registrada a solicitação de desenquadramento por opção do contribuinte, a alteração não pode mais ser feita via Internet. Após o registro da alteração na Junta, você deverá protocolar requerimento de processo administrativo na unidade da RFB de jurisdição da empresa, solicitando:
1) Retificação do motivo (de "por opção" para "mudança de Natureza Jurídica)
2) Alteração dos efeitos do desenquadramento do SIMEI, passando de 01/01/2018 para o primeiro dia do mês seguinte à data do registro da alteração na Junta, anexando documentação que comprove a situação (no caso, o contrato social registrado na Junta). Leve cópias mais os originais para autenticação pelo servidor, ou cópia autenticada.
O Requerimento deverá ser assinado pelo representante legal da empresa ou procurador legalmente habilitado. Se não for protocolado diretamente pelo signatário, apresentar original ou cópia autenticada de documento de identidade com foto que permita a conferência de assinatura, ou deverá ter firma autenticada
Enquanto o pedido é analisado, você poderá, se julgar conveniente, apurar o Simples pelo PGDAS-D na condição de não optante, indicando o nº de processo que será obtido no protocolo. Após a análise da solicitação, se esta for deferida, essas apurações deverão ser retificadas.