Abertura incorreta de empresa

Olá amigos desse sensacional fórum. Iniciei a pouco minhas atividades em meu escritório e estou apanhando um pouquinho.
Chegou até mim um cliente que possui uma loja de venda e instalação de acessórios para veículos. Pois bem, ele recebeu fiscalização da prefeitura municipal que lhe concedeu 180 dias para normalizar sua situação.
Ele então se dirigiu à prefeitura e abriu como autônomo, prestação de serviço de instalação e montagem. Agora recebeu dois carnês, um de taxa de inscrição mobiliária e outro de ISS. O carnê do ISS tem percentual de 2% e valor da receita e do imposto a recolher em branco, e deve ser preenchido por ele para pagar nos vctos.
Eu entendo que está tudo errado, que ele deve abrir comércio e serviços como empresário individual e optar pelo simples.
Estou correto? Há como cancelar o que ele fez e fazer tudo novamente? Por favor peço auxílio dos colegas mais experientes. Obrigado.

Valter
Bom dia

Voce esta correto, solicite a abertura da firma como empresário individual e logo a seguir solicite baixa na prefeitura como autonomo.

Olá Osmar, bom dia, obrigado pela resposta. Na verdade, agora pela manhã a prefeitura me informou não ser autônomo e sim prestador de serviço com incidência de 2% de ISS, até que eu regularize a abertura da empresa ele terá que recolher dessa forma.
Me restou uma dúvida, se vc. puder me ajudar.
É o cliente quem vai preencher o valor da receita, base de cálculo do imposto, hoje ele não separa valores da pessoa física e jurídica, embola tudo, certamente ele vai querer colocar a menor receita possível, mas poderá ter que comprovar para a fiscalização futuramente. O que fazer? Iniciar imediatamente um livro caixa seria uma solução?

Isso Walter

até a regularização da pessoa jurídica, ele precisará fazer livro caixa.
Em relação ao carnÊ de ISS, deverá ser preenchido pelo próprio contribuinte com um valor condizente com a atividade. Verifique se o código tributário de São Bernardo não prevê valores mínimos para recolhimento.

Anderson, muito obrigado pelo apoio. É isso que solicitarei ao meu cliente, enquanto regularizo a empresa, fazemos livro caixa durante o mês de Julho para recolhimento do ISS. Muito obrigado, espero em breve, mais responder do que perguntar.