Ana Lucia, Elisa, boa tarde!
O CNES é um cadastro de "Estabelecimento" de Saúde, e não um cadastro para profissionais.
No cadastro do Estabelecimento de Saúde, seja clínica, hospital, consultório, etc, serão inseridos os profissionais que neste desenvolvem suas atividades profissionais.
No caso da Ana Lucia, que foi um pouco mais específica no questionamento:
..." uma sociedade entre dois médicos que prestam serviços em clínicas, e que não possui um estabelecimento físico (ponto de referência) há que se falar em CNES? Ou os sócios devem obter seus CNS individualmente?"...
Neste caso, as clínicas onde desenvolvem suas atividades devem incluir no seu cadastro / CNES os profissionais em questão (criando um vinculo profissional - não tem nada a ver com vínculo trabalhista - com a instituição), ou no caso de especialidade, que acredito que seja o caso, seria interessante a clínica cadastrar o serviço como terceirizado, como por exemplo:
Seus clientes são da especialidade medica em imagem, radiologistas, e os mesmos fazem exames de imagem em várias clinicas. O mais interessante, na realidade para faturamento, seria que houvesse a criação de um CNES para o endereço físico da empresa deles, e em todas as clínicas onde prestam serviços cadastrem o "serviço" como terceirizado, informado o CNES dos seus clientes como o responsável pelo serviço.
Espero ter ajudado.
Caso possa esclarecer melhor: @Oculto