Bom dia Rita,
Sou do Estado de São Paulo, então vou tentar lhe orientar pela forma que resolvemos processo de transformação no sistema da JUCESP.
Como você mesma disse, é uma transformação de MEI (Acredito que no seu caso já tenha se transformado em Empresário Individual, pois é necessário), então se encaixará no seguinte:
Evento: 046 - Transformação (Evento para transformação com 2 protocolos)
Sua pergunta: seria porque se refere à extinção e outro para a inscrição da sociedade Ltda?
No caso de transformação, temos dois processos. Referindo-se ao ato de transformação da empresa individual em sociedade e do ato de constituição da sociedade, podendo ser três, caso tenha o ato de enquadramento em ME/EPP, por isso são dois Docs.
Base legal: INSTRUÇÃO NORMATIVA DREI Nº 35, DE 03 DE MARÇO DE 2017
Art. 8º Poderá o empresário individual transformar-se em sociedade empresária,mediante requerimento de transformação, admitindo um ou mais sócios.
Parágrafo único. Concomitantemente ao registro do requerimento de empresário, deverá ser arquivado o ato constitutivo da sociedade em separado
Aconselho entrar em contato com o órgão de registro de sua região.
Espero ter interpretado corretamente sua sua dúvida e ter ajudado em algo.