Armando,
Dentre os atos arquivados na Junta Comercial do Estado que sedia a Filial cuja matriz é estabelecida em outro, estão os de alteração de nome empresarial, quadro societário, atividade econômica e, claro, os que mexem diretamente c/a filial - mudança de endereço, por exemplo. Os outros atos da matriz, como, uma cessão de cotas de capital ou uma alteração de endereço da matriz, por exemplo, não precisam ser arquivados Estados afora, mas, caso a empresa queira, nada, absolutamente nada, impede.
Talvez a não obrigatoriedade de arquivamento de todos os atos por parte das Juntas onde estão as Filiais ocorra, por não serem utilizadas as informações que neles constam. Eu explico: observe as informações fornecidas em uma Certidão Simplificada emitida na Junta Comercial do Estado onde está localizada só a filial - nome empresarial, endereço da filial, Nire, CNPJ, data de abertura (da filial) e do último arquivamento. Quadro societário, nada; capital social, só da filial se houver destacado; endereço da matriz, nada.
Talvez por que não utilizadas, é que não são solicitadas.
Não sei se era bem essa a questão (as vezes me perco...), mas, qualquer coisa, retorne