Caro Guilherme, isso não é um contrato social. É uma bomba relógio! : (
Estive pensando sobre o seu caso e o que eu faria seria promover uma notificação extrajudicial ao sócio ausente e ao mesmo tempo o convocaria para uma reunião cuja ordem do dia seria a outorga de procuração ao sócio remanescente para resolver as questões relacionadas ao processo judicial e à RFB.
Quanto mais específico e mais transparente, melhor.
Se a sociedade não estiver enquadrada como ME ou EPP, será necessário realizar as publicações do art. 1.1.52, §§1º e 3º.
Note que não se trata de alterar o contrato social (1.071, V), nem de nomear um novo administrador (1.075, II e V), mas, sim, um procurador. O quórum, portanto, é o de maioria dos presentes (art. 1.076, III), em reunião que decerto só poderá ser realizada em segunda convocação (1.074, 2ª parte, do CC). Utilize o intervalo de pelo menos uma hora entre uma e outra convocação.
Verifique se o contrato também prevê quórum mais elevado para nomeação de procuradores.
Por fim, para alguns é questionável a nomeação de procurador diretamente pela sociedade, pelo teor do 1.018. No Rio de Janeiro, tem sido admitido .
Finalmente, caso não haja forma de resolução com a RFB, o único caminho seria o 1.030. Há precedente do STJ de exclusão de sócio majoritário, inclusive. Capriche na notificação contendo todos os fatos, com muita transparência.