Marinez, faz tempo sua pergunta, mas para conhecimento de todos vai a reposta:
1. Você informará na nota o valor do total do serviço prestado, p.exe 10.000,00 já incluído todos os custos, encargos, salários etc, mas vc pode anexar junto a nota enviada ao seu cliente uma tabela dos valores de cada funcionário, ]HE etc, envie as Gfips e conectividade relacionadas, para comprovação das informações e registro dos funcionários.
2. Quem paga os funcionários é quem contratou, pois a responsabilidade é a contratada, a contratante, ou tomara, paga a contratata o valor que acordado para que a prestadora ( contratada) arque com todos os custos, mesmo sendo ela solidária. Isso é o que deveria ser!
3. O issqn incide sobre o valor total da nota fiscal emitida de acordo com o serviço prestado e autorizado pela empresa, independente de ela ter utilizado o setor administrativo.