Boa tarde Cleibson!
O Artigo 80 da Lei do Ajuste Tributário nº 9.430, de 27 de dezembro de 1996 (Alterada pela Lei nº 11.941, de 27 de maio de 2009) estabelece que a empresa que estiver obrigada e "deixar de apresentar declarações e demonstrativos por 5 (cinco) ou mais exercícios poderão ter sua inscrição no Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica - CNPJ baixada, nos termos e condições definidos pela Secretaria da Receita Federal do Brasil, se, intimadas por edital, não regularizarem sua situação no prazo de 60 (sessenta) dias, contado da data da publicação da intimação". Ou seja, se a empresa deixar de apresentar a PJ Inativa, por exemplo, por 05 ou mais anos, poderá ter a inscrição do CNPJ cancelada se, após intimação da RFB, não regularizar a situação.
Ainda o Artigo 80-B desta mesma base legal determina que "O ato de baixa da inscrição no CNPJ não (grifo meu) impede que, posteriormente, sejam lançados ou cobrados os débitos de natureza tributária da pessoa jurídica".