Alvará irregular

Boa tarde,
gostaria de uma ajuda se possível.
Uma empresa no Rio de Janeiro, funciona há 6 anos no mesmo lugar e em março recebeu a visita de um fiscal da prefeitura que, alegando que o alvará estava irregular, pois o prédio onde funciona essa empresa deveria ser de uso exclusivo e não era mais, multou e além disso a empresa recebeu um edital de interdição. No andar de cima há uma igreja que o alvará está com o andar dessa empresa e no andar de baixo que há 6 anos estava vazio, hoje há uma loja de móveis.
Se a prefeitura liberou o alvará na época é por que a empresa poderia funcionar no local (o prédio era de uso comercial) e se a empresa funciona durante esse tempo, não poderia continuar lá? Mesmo deixando de ser uso comercial? A prefeitura está cobrando um valor absurdo para regularizar o alvará.
Se alguém puder me tirar essas dúvidas e me indicar a legislação referente a isso, agradeço e bom dia.