Conhecimento de transporte

Ola colegas !

Minha empresa é bem diversificada, temos prestação de serviço, comercio e industria , porem não tenho CNAE de Transporte.
Estamos iniciando uma nova operação, onde fomos contratados para gerenciar um projeto de Market Place , onde nossas atividades se resumem em administrar o site de compra e venda ( via e-commerce) e otimizar a logística de entregas das mercadorias transacionadas . Onde as lojas fazem a venda e eu faço a entrega das mercadorias.
Vou contratar uma transportadora para efetuar a entrega , e preciso emitir CTe para o cliente final .

Gostaria de saber como proceder para poder emitir Cte ?